Протеин из 239 аминокислотных остатков. Первичная аминокислотная последовательность (есть S-S связь):
1 E S Q P D P K P D E L H K S S K F T G L M E N M K V L Y N N
31 D H V S A I N V K S I N E F F D L I Y L Y S I K D T K L G N
61 Y D N V R V E F K N K D L A D K Y K D K Y V D V F G A N Y Y
91 Q C Y F S K K T N N I D S H E N T K R K T C M Y G G V T E H
121 G N N Q L D K Y Y R S I T V R V F E D G K N L L S F D V Q T
151 N K K K V T A E Q L D Y L T R H Y L V K N K K L Y E F N N S
181 P Y E T G Y I K F I E N E N S F W Y D M M P A P G N K F D Q
211 S K Y L M M Y N N D K M V D S K D V K I E V Y L T T K K K
Стабилен при pH от 3 до 11. Гуанидирование и нитрогуанидирование аминогрупп лизина (3,5-диметил-1-гуанилпиразолом или его нитропроизводным) не приводит к существенным изменениям конформации молекулы и его биологической активности. Ацетилирование аминогрупп в SEB ведет к инактивации токсина. Восстановление S-S мостика и алкилирование SH-групп иодацетамидом или иодацетатом не приводит к потере биологической активности.