Митохондриальный геном (mitochondrial genome) - Кольцевая двунитевая молекула ДНК, входящая в состав митохондрий. Размер мтДНК у животных обычно около 16 тысяч пар оснований, а в различных группах растений и микроорганизмов эта величина существенно больше и высокоизменчива. Митохондриальный геном включает гены тРНК и рРНК, некоторых ферментов (субъединицы АТФазы, цитохромоксидазы и др.), в нем имеются некоторые отклонения от универсального триплетного кода (например, триплет UGA, являющийся в ядерном геноме стоп-кодоном, в митохондриальном геноме животных кодирует триптофан. Как правило, митохондриальный геном наследуется по материнскому типу; анализ структуры мтДНК с использованием рестриктаз широко применяется в популяционно-генетических исследованиях.